Các sinh vật kỵ khí hoàn toàn trái ngược với các sinh vật hiếu khí, chúng không sử dụng oxy tảo cát để phát triển, trao đổi chất và phân hóa, chúng hoạt động với các hợp chất khác nhau, tạo ra một phân loại phụ nếu nói vi sinh vật hoạt động với một hợp chất hóa học gọi là pyruvate. Trao đổi chất là lên men (họ sử dụng quá trình lên men), mặt khác, nó là một chất khác ngoài pyruvate nếu nói rằng nó là một sinh vật thực hành hô hấp kỵ khí.
Quá trình lên men bao gồm thu năng lượng hóa học từ quá trình dị hóa và quá trình oxy hóa chưa hoàn thành hoặc không hoàn toàn hợp chất hữu cơ, theo sản phẩm cuối cùng của nó, nó có thể được phân loại thành lên men rượu vì nó tạo ra etanol, lên men lactic tạo ra axit lactic, lên men butyric, trong số những người khác; Về phần nó, hô hấp kỵ khí bao gồm một chuỗi vận chuyển electron thường tương tự như hô hấp hiếu khí nhưng thay vì chất nhận cuối cùng là oxy, trong trường hợp này nó sẽ là bất kỳ hợp chất nào có bản chất vô cơ.
Cũng giống như vi khuẩn hiếu khí, vi khuẩn kỵ khí cũng tồn tại có thể sống mà không cần oxy, một số trong số chúng được tìm thấy bên trong cơ thể người ở những nơi không có oxy, chẳng hạn như trong ruột già, nơi chúng hoạt động như vi khuẩn phản hoạt. Chất phân, theo khả năng chống oxy của nó, có thể được phân loại là: vi khuẩn kỵ khí bắt buộc , chúng không thể phát triển ở những nơi có oxy vì nó có hại và có thể gây ra sự tiêu diệt của nó, vi khuẩn hiếu khí sẽ không bao giờ sử dụng oxy cho quá trình trao đổi chất của chúng nhưng có thể sống trong môi trường oxy hóa, vi khuẩn kỵ khí dễ nuôichúng có thể sử dụng oxy làm chất nhận electron cuối cùng nhưng nếu ở trong môi trường không có oxy thì chúng sử dụng con đường lên men.
