Chủ nghĩa hoài nghi tôn giáo là một kiểu hoài nghi liên quan đến tôn giáo, tức là nghi ngờ những niềm tin hoặc những biểu hiện tôn giáo. Chủ nghĩa hoài nghi tôn giáo không bao giờ được nhầm lẫn với chủ nghĩa vô thần vì sau này, theo nghĩa chung, là sự không tin vào các vị thần hoặc bất kỳ loại sinh vật siêu nhiên nào, hoặc mặt khác, nói một cách nghiêm ngặt hơn, đó là vị trí mà sự không tồn tại của các vị thần chiếm giữ.
Những người hoài nghi là những người tranh chấp hoặc nghi ngờ thẩm quyền hoặc các hiện tượng tôn giáo khác nhau; họ hoàn toàn nghi ngờ tính xác thực hoặc hiệu quả của một số hoặc nhiều thực hành tôn giáo khác nhau hiện có. Theo lịch sử, chủ nghĩa hoài nghi tôn giáo có nguồn gốc từ thời nhà triết học cổ điển người Athen Socrates, người đã nghi ngờ nhiều tuyên bố về tôn giáo thời bấy giờ.
Chủ nghĩa hoài nghi tôn giáo ngày nay thường đề cập đến nhiều thử nghiệm hoặc các phương pháp và câu chuyện khoa học hơn. Theo nhà văn, người thuyết trình và nhà sử học chuyên về các vấn đề khoa học, người sáng lập " Hiệp hội những người hoài nghi " hay "xã hội của những người hoài nghi", Michael Brant Shermer đã tuyên bố trong một bài viết rằng đó là một quá trình để khám phá ra sự thật thay vì không chấp nhận.. Do đó, một người hoài nghi tôn giáo không thể tin rằng Chúa Giê-su tồn tại hoặc nếu có thì người đàn ông này không phải là cái gọi là Đấng Mê-si, và cũng không thể làm phép lạ.
Chủ nghĩa hoài nghi tôn giáo không giống như thuyết bất khả tri hay thuyết vô thần, mặc dù cần lưu ý rằng trong một số trường hợp, chúng liên quan đến thái độ hoài nghi đối với tôn giáo và thần học triết học. Nhiều người theo tôn giáo hầu như luôn hoài nghi về những biểu hiện của các tôn giáo khác không liên quan đến tôn giáo của họ, hoặc ít nhất là khi cả hai xung đột về một niềm tin cụ thể.